La sintesi sottrattiva tra i colori ha natura diversa e in certa misura opposta a quella additiva.
I tre colori fondamentali in sottrattivo sono i complementari dei tre colori fondamentali della sintesi additiva: il giallo complementare del blu, il magenta complementare del verde, l'azzurro-ciano complementare del rosso. In inglese Yellow, Magenta, Cyan spesso sintetizzati dalla sigla YMC.
L'esempio più semplice di sintesi sottrattiva si ha sovrapponendo più filtri colorati: il colore che giunge al nostro occhio è quello che riesce a passare per tutti i filtri; ogni filtro sottrae una parte della luce che lo attraversa e questo giustifica il termine sottrattivo.
Pittori e disegnatori per miscelare i colori stendono con pennelli (o matite) strati di colore sovrapposti sulla tela (o la carta) e quindi di fatto realizzano una serie di filtri colorati. Si tratta quindi di una sintesi sottrattiva.
N.B. Spesso si dice che nel disegno i colori fondamentali sono il rosso, il giallo e il blu; a stretto rigore si tratta di un'affermazione scorretta che andrebbe corretta così: rosso-magenta, giallo, blu-ciano.
Altro esempio di sintesi sottrattiva è quella utilizzata dalle pellicole foto e cinematografiche a colori: la pellicola è in effetti ricoperta di tre strati sovrapposti uno giallo, uno magenta, uno ciano.
Nella sintesi sottrattiva sovrapponendo più colori si ottiene un colore più scuro, cosa ben nota a disegnatori e pittori. Usando la immagine dinamica a destra si può verificare che ponendo tutti i colori al massimo della intensità (FF esadecimale = 255) si ottiene appunto il nero. Ponendo viceversa la intensità a zero si ha il bianco.
L'altra tecnica fondamentale di sintesi dei colori è la sintesi additiva; in sintesi additiva mescolando più colori si ottiene un colore più chiaro.